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我是思考问题的熊，你现在正在阅读的是熊言熊语会员通讯「4321X」第 3 期。
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刊首语

本期会员通讯刊首语想和大家聊聊生病。

最近一周多的时间一直在生病，我以为像感冒咳嗽这样的日常病，就是给身体一个信号，告诉你需要刹车需要休息，是身体默默的反抗。这几年只要自己坚持一段高强度的生活之后就会病一次，这种高强度有时候是身体层面有时候是指心理。生病了人总归要停下来，各种药的最大作用给我的感觉也是「催眠」让人犯困，强迫自己睡几天再重新开始另一段高强度的生活。

之前几期通讯都是在周末推送，我看了后台的打开率并不理想（略高于 50%），难道是因为周末大家对打开邮箱这件事比较抗拒？借着这次延后发布，再试试把推送时间改到周中下午时段是否会好些，希望用 10 期左右的时间我们可以达成一个固定推送时间的默契。

上次想测试拆分一次通讯多次发布的计划还没试行就被我又否定了，至于原因，我没有想出来该怎么给多出来的一封邮件命名。

文献

The relationship between genome structure and function

DOI：10.1038/s41576-020-00303-x

Precise patterns of gene expression in metazoans are controlled by three classes of regulatory elements: promoters, enhancers and boundary elements. During differentiation and development, these elements form specific interactions in dynamic higher-order chromatin structures.

基因表达会受到启动子、增强子和边界元件这三类调控元件控制。在分化和发育过程中，这些元件在动态的高阶染色质结构中可以形成特定的相互作用。然而，基因组结构与基因调控功能之间的关系尚不完全清楚。这篇综述从基因组的调控元件、基因组结构和 3D 基因组调控几个方面进行了介绍。

Cross-Site Concordance Evaluation of Tumor DNA and RNA Sequencing Platforms for the CIMAC-CIDC Network.

DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-20-3251

The CIMAC collaborating laboratory platforms effectively generated consistent WES and RNA-seq data and enable robust cross-trial comparisons and meta-analyses of highly complex immuno-oncology biomarker data across the NCI CIMAC-CIDC Network.

全外显子组(WES)和转录组测序(RNA-SEQ)是肿瘤基因组分析的重要组成部分。越来越多的分析需求需要将不同中心的数据整合起来进行分析，CIMACs 和 CIDC 共同发起了一项关于这两类数据在不同中心平台分析一致性的研究。其中 WES 的一致性比较好，RNAseq 数据在满足 DV200>24% 和 MedTIN>30 的情况下可以进行后续的 HLA 配型、免疫浸润和免疫谱系推断。

The landscape of long noncoding RNA-involved and tumor-specific fusions across various cancers

DOI 10.1093/nar/gkaa1119

Here, we present a systematic study of the lncRNA fusion landscape across cancer types and identify >30 000 high-confidence tumor-specific lncRNA fusions (using 8284 tumor and 6946 normal samples). Fusions positively correlated with DNA damage and cancer stemness and were specifically low in microsatellite instable (MSI)-High or virus-infected tumors.

基因融合与各种疾病特别是癌症的发生发展紧密相关，甚至是一些癌症的直接诱因。本文使用大量的癌症与正常样本分析了 lncRNA 相关的融合现象。融合与 DNA 损伤和癌症干性呈正相关，在高 MSI 或病毒感染的肿瘤中呈负相关。且作者研究发现 eRNAs 可能介导一种新型的复杂融合机制

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