刊首语

本周想分享一个「汉隆剃刀」经验法则：能解释为愚蠢的，就不要解释为恶意。

Hanlon's Razor: 'Never attribute to malice that which can be adequately explained by stupidity.'

这句话究竟是谁说的，汉隆究竟是谁，似乎也不太可靠了，想看比较可信度源头可以参见 Wikipedia。

之所以我们感觉这个世界充满了恶意，很大一部分原因是因为我们理解错了这个世界。潜意识里，我们每个人都会以自我为中心思考问题，最常见的一个句式就是「他问什么这么对我」，但现实是每个人都是一个平行的个体。

@Matthew Cook

汉隆剃刀说的「愚蠢」，代表各种无知的、偶然的、非故意的的原因，这些情况发生的可能性远远大于恶意。彼此熟悉的人，突然对你产生恶意的可能性很小，不熟的人也没什么理由对你产生恶意。

这里的愚蠢不仅仅是指「笨」，可能是忘了、错了、误会了、累了或者有事耽误了。并不是这些人恨你，不喜欢你，还是前面说的，这个世界并非以你为中心，很多人也不会专门针对你。

@Matthew Cook

回到开头，评论一个人或者一件事不是坏就是蠢。事后看，往往都不是坏，而仅仅是蠢。

不提别人，可以想一下自己，平时我们有多大的概率会精心设计一件事情，会思考很多其他人之后再做一个决策。通常都是被惯性和情绪驱动，不会想太多。问题在于我们一般意识不到自己的愚蠢，不经意就有了一些让人误解的行为。从另一个角度讲，如果你感觉自己承受了阴谋和恶意，一定要直接交流、小心求证防止误判。

学会和这个世界在某种程度上和解。

专业文献

HisTrader: A Tool to Identify Nucleosome Free Regions from ChIP-Seq of Histone Post-Translational Modifications

Yifei Yan, Ansley Gnanapragasam, Swneke Donovan Bailey
Motivation: Chromatin immuno-precipitation sequencing (ChIP-Seq) of histone post-translational modifications coupled with de novo motif elucidation and enrichment analyses can identify transcription factors responsible for orchestrating transitions between cell- and disease-states. However, the identified regulatory elements can span several kilobases (kb) in length, which complicates motif-based analyses. Restricting the length of the target DNA sequence(s) can reduce false positives. Therefore, we present HisTrader, a computational tool to identify the regions accessible to transcription factors, nucleosome free regions (NFRs), within histone modification peaks to reduce the DNA sequence length required for motif analyses.
Results: HisTrader accurately identifies NFRs from H3K27Ac ChIP-seq profiles of the lung cancer cell line A549, which are validated by the presence of DNaseI hypersensitivity. In addition, HisTrader reveals that multiple NFRs are common within individual regulatory elements; an easily overlooked feature that should be considered to improve sensitivity of motif analyses using histone modification ChIP-seq data....